Провозгласив свою независимость в 1991 году, Кыргызстан, как суверенное государство и полноправный член мирового сообщества, приступил к созданию национальной армии.
У молодого государства не было опыта создания военной организации. Отсутствовала необходимая оборонная инфраструктура. Скорейшему созданию Вооруженных Сил препятствовали социально-экономические факторы, а также недостаток квалифицированных и подготовленных офицерских кадров.
Первым шагом на пути создания Вооруженных Сил было издание Указа Президента Республики Кыргызстан от 13 января 1992 года, о формировании Государственного комитета Республики Кыргызстан по делам обороны, который возглавил генерал-майор Уметалиев Джаныбек Асанбекович.
И уже 29 мая 1992 года Указом Президента Республики Кыргызстан «О взятии (принятии) под юрисдикцию воинских соединений, частей и учреждений бывшего Советского Союза, дислоцированных на территории Кыргызстана» было положено начало строительства Вооруженных Сил как фундаментальной основы национальной безопасности нашего государства.
Принятие 5 мая 1993 года Конституции Кыргызской Республики определило основные принципы военной политики нашего государства, построения и развития его Вооруженных Сил. В Конституции закреплено, что Кыргызская Республика не имеет целей экспансии, агрессии и территориальных притязаний, решаемых военной силой, отвергает милитаризацию государственной жизни, подчинение государства, его деятельности задачам ведения войны.
Вооруженные Силы строятся в соответствии с принципами: самообороны и оборонительной достаточности; безусловного соблюдения законодательства Кыргызской Республики, подконтрольности военных структур высшим органам государственной власти; соответствия организационной структуры, боевого и численного состава задачам обеспечения военной безопасности и экономическим возможностям государства; обеспечения национальной безопасности государства, способности к адекватному наращиванию боевой мощи при возрастании военной угрозы, поддержания боевой и мобилизационной готовности; соблюдения норм международного права и использования мирного опыта военного строительства.
Главной целью военного строительства в Кыргызской Республике является создание небольших, компактных и мобильных Вооруженных Сил, оснащенных современным вооружением, военной техникой, обеспеченных материальными средствами для ведения военных действий в условиях высокогорья, способных в короткие сроки гарантированно обеспечить защиту территориальной целостности, конституционного строя, суверенитета государства и его граждан.
Главнокомандующим Вооруженными Силами является Президент Кыргызской Республики. Он осуществляет руководство Вооруженными Силами, назначает и сменяет высшее командование. Центральным органом государственного управления Вооруженными Силами является Министерство обороны. Его Главный штаб - основной орган оперативного управления Вооруженными Силами Кыргызской Республики.
Министерство обороны несет ответственность за состояние всех Вооруженных Сил и их дельнейшее развитие, способность к противодействию в случае военной опасности для государства.
Высшим командованием Вооруженных Сил является руководство Министерства обороны, возглавляемое Министром обороны Кыргызской Республики.
Вооруженные Силы Кыргызской Республики в мирное и военное время состоят из органов политического, военного управления, соединений, частей и учреждений Министерства обороны, Министерства чрезвычайных ситуаций, Внутренних войск МВД, Национальной гвардии, Государственного комитета безопасности, Пограничной службы, Службы государственной охраны и органов военной юстиции Кыргызской Республики.